Johannes (Johan) Wagenaar (Utrecht, 1 november 1862 – 's-Gravenhage, 17 juni 1941) was een Nederlands componist, muziekpedagoog, dirigent en organist.
Wagenaar kreeg zijn muziekopleiding van Willem Petri (piano),
Richard Hol (compositie en harmonieleer) en
Samuel de Lange jr. (orgel). Hij speelde enkele jaren viool in de Utrechtse 'stadsconcerten' en werd in 1888 organist van de Domkerk. Hij bekleedde veel belangrijke functies in het lokale muziekleven. In 1892 kreeg hij les in contrapunt bij
Heinrich von Herzogenberg in Berlijn. Hij dirigeerde de Toonkunstkoren in Utrecht, Arnhem en Leiden. Van 1919 tot 1937 was hij directeur van het Koninklijk Conservatorium in 's-Gravenhage. Tot zijn talrijke leerlingen behoorden
Peter van Anrooy,
Willem Pijper,
Alexander Voormolen, Léon Orthel, J.S. Brandts Buys, Hans Brandts Buys, Johannes Röntgen en Jacob van Domselaer.
In 1916 ontving Wagenaar een eredoctoraat van de Universiteit Utrecht. Voor die gelegenheid componeerde hij zijn Sinfonietta voor orkest. Naar hem is de Johan Wagenaar-Prijs genoemd.
In zijn composities is een eigen, Nederlandse stijl herkenbaar, bijvoorbeeld in de cantate De Schipbreuk en in de orkestwerken Cyrano de Bergerac en De getemde feeks. Belangrijke inspiratiebronnen waren echter
Richard Strauss en
Hector Berlioz, en ook wel
Edward Elgar. Met name zijn ouvertures maakten indruk door hun sprankelende stijl, humor en kleurrijke orkestratie.
